아랄해는 1960년대까지 아무다리야 강과 시르다리야 강에 눈이 녹은 물이나 빗물이 흘러 들어왔다. 그러나 소련 정부는 1960년대 농업용수를 확보하기 위해 이들 강의 흐름을 바꿔 물을 운하로 유입시켰다. 이 사업은 일시적으로 농업생산량을 크게 높일 수 있었으나, 아랄해로 유입되던 강물의 수량이 줄면서 1960년대 이후 계속해서 호수 면적이 줄어들었다.
수위 저하에 따라 기후도 변했다. 증발량이 많은 사막기후의 영향까지 겹치면서 해안선이 빠른 속도로 후퇴하기 시작했다. 한 때 물이 가득하던 호수가 말라버리자 인근 지역의 기후도 변했다. 기온변화를 덜어줄 물이 없어 겨울에는 더욱 춥고, 여름은 더욱 더워졌다.
이러한 변화로 인해 우즈베키스탄 쪽 남 아랄해의 동쪽부분이 올해들어 완전히 말랐다고 미국 항공우주국은 설명했다.