교육부는 지난 2012년부터 사학연금의 경우 법인부담을 학교가 대신 부담할 경우 교육부 장관의 승인을 받도록 했지만, 일부 대학은 승인을 받지 못했음에도 학교에 부담시키거나 승인받은 금액보다 더 많은 금액을 학교에 부담시킨 것으로 알려졌다. 2012년 사학연금 법인부담금을 학교에서 부담할 수 있도록 승인받은 4년제 사립대학법인 73개 가운데 23개교는 당초 승인액을 어기고 학교가 더 많이 부담했다. 백석대의 경우 당초 7억9000만원을 승인받았으나 실제로는 35억3000만원을 학교가 부담해 27억4000만원을 추가 부담했다. 또 숭실대의 경우는 20억8000만원 승인에 36억4000만원 부담으로 15억 6000만원을 학교에 전가했으며, 홍익대의 경우 9억5000만원을 학교에 추가적으로 떠넘겼다.
특히 한국외대(25억원), 서강대(19억2000만원), 동서대(9억4000만원) 등은 교육부 장관으로부터 사학연금 학교부담을 승인받지 못했음에도 이를 학교에 부담시켰다.