주요 협력 분야는 ▲내수면의 종합적 개발 ▲수산분야 신재생에너지 보급 확대 ▲유휴간척지를 활용한 대단위 양식단지 개발 ▲어촌 생활환경 개선사업 공동 추진 등이다.
또한 수산분야의 친환경적 성장을 선도하고, 양식어업의 경쟁력을 높이기 위해 지하해수 개발, 지열냉난방시설 보급 등 신재생에너지사업을 확대해 나가는 한편, 국토의 효율적인 활용을 위해 대형 간척지의 유휴농지에 대단위 축제식 양식장을 개발하고, 귀어․귀촌 희망자에게 어촌에 정착할 수 있는 기회를 확대할 계획이다.
아울러, 어촌의 생활환경 개선을 위해서 주택 리모델링, 경관개선 등 어촌정비사업을 추진하고, 개별 어촌의 특성에 맞는 어촌특화발전사업도 함께 확대한다.
해양수산부는 이번 협약 체결을 계기로 정부 부처 간의 협력을 넘어 민간과의 협력 방안을 모색하면서, 소통과 협업의 정부 3.0실현을 위해서도 더욱 노력해 나갈 계획이다.
한편, 한국농어촌공사는 어촌개발처를 신설해 지난 2010년부터 내수면 생태목장 연구사업, 지하해수 개발사업, 지열냉난방시설 보급사업 등 다양한 어촌․수산 관련 사업들을 수행해 오고 있다.